1986年，实行厂长任期目标责任制。

1987年，全面推行经济目标责任制，建立全面质量管理体系，实行三级质量管理、二级检验分析制度，实行质量系数法考核计奖。成立“兰州市中药研究所”。

1988年， 确定了“以质量求生存、以品种求发展、以服务为宗旨”的经营策略。

1989年，先后在上海、深圳、海南、南宁、西安、温州建立经销部。

1991年，经济效益经国家统计局评估名列甘肃省大中型企业第16位。

1991年，获自营出口权，首次独立经营中成药出口业务，增加了中药浓缩粉品种。

1992年，被国家劳动部列为百家岗位技能工资试点企业，实行岗位技能工资制，实行企业内部全员劳动合同制。

1992年2月28日，中美合作经营的南北药业公司成立，作为甘肃省医药系统第一家合资企业，受到社会普遍关注。

1992年，中药研究所获准进入兰州市高新技术产业开发区。

1993年，与美国美威行贸易公司全面合作，成立中美合资兰州佛慈制药有限公司。

1994年，攻克日本全浸膏丸和全细粉丸的工艺技术难关，为扩大日本市场销量，增加创汇奠定了坚实的技术基础。

实行质量一票否决制。

1996年，GMP制剂车间竣工投产，并通过澳大利亚TGA组织GMP认证，产品在PIC成员国得到认可。

公司质量部被国家中医药管理局授予“质量管理检测先进集体”荣誉称号。

1997年，佛慈浓缩丸系列中成药经评审被认定为“陇货精品”。

1998年，自行设计制造了一台履式光丸助选机，在生产实践中发挥了良好的作用。

1999年，通过中国国家药品监督管理局GMP认证。

2000年，佛慈麦味地黄丸、鞣酸小檗碱原料及制剂、复方贯众阿司匹林片等11个品种由地方药品标准上升为国家标准，其产品质量标准被收载于《国家中成药标准汇编—— 中成药地方标准上升国家标准》。

2001年，首次在中央电视台黄金时段投播产品广告，培育出公司拳头产品——佛慈六味地黄丸。

2002年，甘肃省出现第一条以企业名称命名的大街——“佛慈大街”；启用新包装，对产品实施双商标保护措施。

2003年，名列甘肃工业60强。“佛慈”商标在美国成功注册。

2004年，花百胶囊获得国家六类新药证书。

2005年，着力开发乌克兰市场，在该国完成40种药品的注册。

2006年，被国家商务部评定为首批“中华老字号”企业。

2006年，贾朝民董事长代表佛慈与兰州市安宁区政府签订“佛慈医药工业园区”征地协议。

2006年12月19日 ，通过日本厚生省GMP认证。

2006年，独立研发的拥有自主知识产权的国家中药新药花百胶囊及其他12个特色产品，成为国家药品注册标准。

2007年，提出 “营销创新、制度创新、文化创新” 三大创新思想。

2007年7月，经兰州市人民政府批准，启动佛慈（IPO）股票首发上市工作。

实施CIS战略。确立“国药佛慈，慈心好药” 核心广告语。

2008年，全面实施“营销创新、制度创新、文化创新”发展战略。

2009年，获得“甘肃省五一劳动奖状”。

被甘肃省科技厅、财政厅、国税局、地税局认定为“高新技术企业”。

佛慈安宁医药工业园区开工建设。

佛慈《科学国药——用药指南》出版。

2010年，“佛慈”注册商标被国家工商总局认定为中国驰名商标。

被国家科技部评定为“国家火炬计划重点高新技术企业”。

2011年6月1日，正式向瑞典国家药品管理局提交佛慈浓缩当归丸欧盟药品注册申请；7月3日，成功举办“2011中药欧盟注册高层应对研讨会”，发表《中药国际化兰州宣言》。

2011年8月，以佛慈制药为依托单位的“甘肃省现代中药制剂工程技术研究中心”获甘肃省科技厅批准立项建设。

2011年12月22日，佛慈制药股票在深圳证券交易所公开发行上市（股票代码：002644）。

2012年2月，荣获甘肃省人民政府2011年度“省长金融奖”。

佛慈《科学国药——用药指南》一书荣获甘肃省人民政府颁发的第九届“甘肃省优秀图书奖”。

2012年12月22日，佛慈阿胶产品正式面市。

2013年，根据兰州市人民政府的统一规划安排，启动实施“出城入园”搬迁改造，在第五个国家级新区——兰州新区建设“扩大浓缩丸生产规模技术改造”项目。

2013年5月15日，佛慈制药和瑞典斯德哥尔摩大学共同组建“中瑞天然植物药和保健品研究中心”。